1953年9月，成立墨玉县人民检察署；1955年2月，成立县人民检察院；“文化大革命”期间，县公、检、法实行军管，县革命委员会成立之后，设人民保卫组，行使检察职能；1978年12月，恢复县检察院。2022年，有政法专项编制55个，工勤编制3个，实有在编干部职工54人（含3名工勤），其中党员42人，汉族干警18名，少数民族干警36名，女干警21名，法律本科以上学历占86%。员额检察官20名，其中三级高级检察官1名、四级高级检察官5名、一级检察官2名、二级检察官2名、三级检察官7名、四级检察官3名。内设机构9个：第一检察部（普通刑事犯罪与未成年人检察部）、第二检察部（重大刑事犯罪检察部）、第三检察部（刑事执行检察部）、第四检察部（民事检察部）、第五检察部（行政检察与公益诉讼检察部）、综合检察业务部、检务督察部、政治部、办公室（司法警察大队），2012年6月25日全院搬迁至墨玉县城银河北路5号办公楼。